Es necesario descargar el programa ILMerge de Microsoft.
http://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=17630
Una vez en el sistema ejecutar mediante un CMD en el PATH donde se encuentre el ILMerge.exe el siguiente comando:
ilmerge /target:winexe /out:final.exe fichero.exe libreria.dll
Donde final.exe, será el programa EXE, resultado de la unión de fichero.exe y libreria.dll